Perjalanan sebuah klub sepak bola profesional di Indonesia sering kali diwarnai dengan dinamika perpindahan markas serta perubahan identitas demi menyesuaikan diri dengan perkembangan kompetisi. Sebelum dikenal luas sebagai kontestan papan atas, klub yang kini menyandang nama Java United FC memiliki rekam jejak panjang yang bermula dari Provinsi Jawa Timur. Pada masa awal berdirinya, klub sepak bola ini menggunakan nama Putra Jombang. Kiprah mereka di kancah sepak bola nasional kemudian memasuki babak baru pada tahun 2021, ketika klub tersebut diakuisisi oleh pihak manajemen baru dan berganti nama menjadi Putra Delta Sidoarjo. Di bawah bendera Putra Delta Sidoarjo inilah mereka mulai merintis prestasi di kompetisi resmi, salah satunya dengan meraih posisi runner-up pada ajang Liga 3 Nasional musim 2021-2022. Prestasi tersebut sekaligus mengantarkan mereka mengamankan tiket promosi untuk naik kasta ke kompetisi Liga 2.
Setelah berhasil menembus Liga 2, gelombang perubahan kembali menerpa klub ini pada bulan Januari 2023. Kepemilikan klub dialihkan setelah diakuisisi secara resmi oleh Malut Maju Sejahtera bersama dengan PT Mineral Trobos Group. Proses akuisisi ini tidak hanya mengubah struktur kepemilikan, tetapi juga membawa perubahan geografis yang signifikan. Markas klub dipindahkan dari Jawa Timur menuju wilayah Maluku Utara, dan nama resmi klub pun diubah menjadi Malut United. Sebagai perwakilan dari Maluku Utara, Malut United tampil impresif pada musim Liga 2 2023-2024. Mereka sukses mengamankan tiket promosi ke kasta tertinggi, Liga 1, setelah memenangi babak play-off promosi yang sengit. Kiprah mereka di Liga 1 juga tergolong gemilang. Pada musim perdana mereka di Liga 1 2024-2025, klub berhasil finis di peringkat ketiga klasemen akhir. Performa solid tersebut berlanjut pada musim berikutnya, di mana mereka mengakhiri kompetisi Liga 1 2025-2026 dengan menempati posisi keenam.
